Klingt vielleicht zu einfach, aber es könnte sein, dass du die Fensterheber neu anlernen musst, wenn die Batterie mal abgeklemmt war.
Dazu Fenster zuerst nach unten fahren und dann den FH-Schalter so oft drücken bis die Scheibe wieder ganz oben ist. In der obersten Stellung den Schalter ca. 5 Sekunden gedrückt bzw. in dem Fall nach oben ziehen.
Mit ein bisschen Glück wars nur das, würde mich freuen für dich